pubmed-mcp-server

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PubMed MCP Server is a FastAPI-based service that provides an interface to access PubMed databases, enabling article search and metadata retrieval. A key feature is the capability to download PDF files of PMC articles, making it a useful tool for research purposes.

PubMed MCP Server

Python 3.12+ FastAPI

项目简介

PubMed MCP Server 是一个基于 fastapi-mcp 的服务，提供了对 PubMed 数据库的访问接口。该服务允许用户搜索 PubMed 文章、获取文章元数据以及下载 PMC 文章的 PDF 文件

基本功能:

  • 搜索文章：根据关键词搜索 PubMed 数据库中的文章
  • 获取元数据：获取特定 PubMed ID 的文章详细信息，包括标题、摘要、作者、关键词等
  • 下载 PDF：下载 PMC 文章的 PDF 文件到本地

安装与配置

  1. 克隆仓库
git clone https://github.com/yourusername/pubmed-mcp-server.git
cd pubmed-mcp-server

# 安装 uv 工具，用于管理虚拟环境和依赖项同步
pip install uv
  1. 创建并激活虚拟环境
uv sync
source .venv/bin/activate  # Linux/Mac
# 或
.venv\Scripts\activate  # Windows

配置

创建 .env 文件来自定义配置：

DOWNLOAD_PATH=/path/to/store/pdfs

默认情况下，PDF 文件将保存在 /tmp/pubmed-pdfs 目录下。

使用方法

uv run main.py

服务器将在 http://localhost:8977 上运行。

然后你可以在 mcp client 中配置这个endpoint，并使用SSE模式

项目结构

.
├── app/               # API 应用定义
│   └── pubmed.py      # PubMed API 端点
├── core/              # 核心功能
│   └── config.py      # 配置管理
├── service/           # 服务层
│   ├── __init__.py    # 基础 URL 和工具函数
│   ├── file.py        # 文件下载功能
│   └── search.py      # PubMed 搜索和解析功能
├── tests/             # 测试目录
├── .env               # 环境变量配置
├── main.py            # 应用入口
└── pyproject.toml     # 项目依赖

许可证

本项目采用 MIT 许可证。详情请参阅 文件。